由于潔凈空調(diào)系統(tǒng)的特點和普通空調(diào)系統(tǒng)不同，因此空氣處理過程和空氣處理的參數(shù)也不同，在選擇空調(diào)箱時，必須滿足潔凈空調(diào)系統(tǒng)的要求。
空調(diào)箱必須具備初、中效二級過濾的功能。初、中效過濾器要根據(jù)潔凈空調(diào)系統(tǒng)對潔凈度的要求和工程所在地室外環(huán)境的大氣含塵濃度來選擇過濾效率（過濾級別）。還要考慮初、中效過濾器的阻力和容塵量。初、中效過濾器的阻力分初阻力和終阻力，選擇空調(diào)箱的風機時應按它的終阻力來計算容塵量，也就是初、中效過濾器的使用壽命。初、中效過濾器還分可清洗和不可清洗兩種，選擇時應根據(jù)工程的具體情況和業(yè)主的要求來選擇。
因為多級過濾器的阻力很大，表冷器的排數(shù)多，阻力也增大，所以潔凈空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱所選用的風機風壓要比普通空調(diào)系統(tǒng)高許多，空調(diào)箱的壁板承受的壓力也就大多了。潔凈空調(diào)系統(tǒng)對漏風量的控制也應比普通空調(diào)系統(tǒng)更嚴格，因為系統(tǒng)的漏風不僅影響室內(nèi)的溫濕度或造成能源浪費，還會影響潔凈室的潔凈度、因此對潔凈空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱結(jié)構(gòu)要求更高，無論是板式還是框架式結(jié)構(gòu)都要求變形量小。
由于工藝需要，潔凈空調(diào)系統(tǒng)往往是室內(nèi)的溫、濕度基數(shù)比普通空調(diào)要低，因此送風狀態(tài)點的溫度也相應比較低。為了讓空調(diào)箱箱壁不結(jié)露，對空調(diào)箱箱壁保溫材料的厚度和傳熱系數(shù)的要求更高，空調(diào)箱連接點的冷橋處理要求更高，必要時要做結(jié)露校核計算。
潔凈空調(diào)設計規(guī)范規(guī)定潔凈室內(nèi)的噪聲不高于60dB。潔凈空調(diào)系統(tǒng)的風量比普通空調(diào)系統(tǒng)的風量要大，風系統(tǒng)的阻力也大，選用的送風機風量大，風壓也大，風機轉(zhuǎn)速也要高，所以產(chǎn)生的噪聲也就大。為了滿足規(guī)范的要求，往往還要在空調(diào)箱內(nèi)設置消聲器。為了避免消聲器的消聲材料成為發(fā)塵源，一般在潔凈空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱內(nèi)都選用微穿孔板消聲器。微穿孔板消聲器的消聲量要根據(jù)消聲器的長度計算。
潔凈空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱內(nèi)壁材料應不易產(chǎn)生灰塵并耐腐蝕，生物潔凈空調(diào)系統(tǒng)所用的空調(diào)箱內(nèi)壁要可以消毒。
潔凈空調(diào)系統(tǒng)空調(diào)箱功能段數(shù)要多于普通空調(diào)系統(tǒng)，而且維護保養(yǎng)的要求也比較高，例如初、中效過濾器要經(jīng)常更換，空調(diào)箱內(nèi)壁要清潔、消毒，所以空調(diào)箱的長度也比普通空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱長。為了節(jié)省空調(diào)機房的面積，在滿足使用功能的前提下，應盡可能使結(jié)構(gòu)緊湊。
潔凈空調(diào)系統(tǒng)中化學過濾器應根據(jù)生產(chǎn)過程中所產(chǎn)生廢氣的性質(zhì)和廢氣的量來確定化學過濾的種類，防止?jié)崈艨諝庋h(huán)次數(shù)多而使廢氣的濃度越來越高。潔凈空調(diào)箱在新風入口段是否要設置化學過濾器，要根據(jù)工程所在地的大氣環(huán)境決定。
潔凈空調(diào)系統(tǒng)選用空調(diào)箱風機時要考慮到潔凈空調(diào)系統(tǒng)的風阻力比一般空調(diào)系統(tǒng)要大，因為有初、中、高效三級過濾而且阻力變化也很大。初、中、高效三級過濾器從初阻力一直到終阻力的阻力疊加數(shù)值占整個潔凈空調(diào)系統(tǒng)總阻力的比例很大，因此空調(diào)箱應該選用變頻風機，選用變頻風機不是為了改變潔凈系統(tǒng)的送風量，而是為了適應初、中、高效的阻力變化。全新風潔凈空調(diào)系統(tǒng)中，若因工藝發(fā)生變化造成排風量的變化，為了保持室內(nèi)的正壓值不變，可以通過送風機的變頻來相應改變送風量。
空調(diào)箱表冷器進出水水溫的確定取決于潔凈空調(diào)系統(tǒng)的送風狀態(tài)的溫濕度參數(shù)。由于工藝對室內(nèi)溫濕度的要求不同，再加上潔凈空調(diào)系統(tǒng)的送風量往往不是由負荷大小來決定而是根據(jù)潔凈度級別來決定的，送風量大送風溫差就小，潔凈室內(nèi)的溫度基數(shù)低送風溫度就低。根據(jù)一般經(jīng)驗，表冷器的進水溫度要比送風狀態(tài)溫度低3～6℃，表冷器的出水溫度要比送風狀態(tài)溫度低0.5～1℃，這*取決于潔凈室內(nèi)的設計溫度基數(shù)和冷媒水進表冷器的溫度（一般就是6～7℃）以及表冷器性能的各個參數(shù)，如接觸系數(shù)、表冷器的排數(shù)、析濕系數(shù)、傳熱系數(shù)、水流速、換熱效率系數(shù)等。